A paróquia São João Batista, de Boqueirão do Leão, está localizada na região alta do Vale do Taquari, região norte da Diocese. Pertence à Comarca Eclesiástica de Boqueirão do Leão. 

Em 1923, o lugarejo que hoje forma o município de Boqueirão do Leão era formado por um aglomerado de casas e uma pequena igrejinha. Os padres de Santa Cruz do Sul continuavam a rezar a Santa Missa na casa de João Ogliari. Foi então que Alfredo Becker, Ricieri Pasqualotti, Eugênio Franciosi, João Ogliari e outros resolveram doar toda a madeira necessária para a construção de uma nova igreja, juntamente com Antônio Franciosi, que doou o terreno, altar e imagens. A nova capela foi construída pela comunidade em 1928. Em 1929, um violento tufão praticamente arrasou o povoado. Apenas cinco casas ficaram de pé e a única coisa que restou de inteiro na antiga igreja foi uma estátua de Nossa Senhora. O padeiro, o médico, o dentista e o alfaiate abandonaram a região, por que suas casas também foram destruídas, deixando a população em estado de total abandono. 

Reconstruída a capela, as Missas passaram a ser administradas pelos padres da paróquia de Vila Fão, até 1939, quando passou por um curto espaço de tempo para a paróquia de Progresso. Até este período o padroeiro era Santo Antônio. Em 10 de novembro de 1941 Dom João Becker, Arcebispo de Porto Alegre, criava a paróquia São João Batista de Boqueirão do Leão, nomeando como primeiro pároco o Pe. Arno Luis Eckert. 

Com o passar dos anos sentiu-se a necessidade de construir uma nova igreja matriz. Em 1972 foi eleita a comissão responsável pela construção da nova Igreja. No dia 03 de julho de 1975 a lançada a Pedra Fundamental. Somente em 18 de novembro de 1984 a nova igreja foi inaugurada. Esta solenidade foi presidida por Dom Alberto Etges, com a presença do idealizador da obra Pe. Reinaldo Reihner e o pároco da época, Pe. Álvaro Lenhardt.

No dia 10 de novembro de 1991 a paróquia celebrou o Jubileu de Ouro. Dom Sinésio Bohn presidiu a Santa Missa. O dia 02 de fevereiro de 1992 ficou marcado pela ordenação sacerdotal do Frei Clóvis Armani, primeira ordenação sacerdotal de um filho da paróquia.

No dia 09 de outubro de 1995 iniciaram as obras de construção das capelas mortuárias da Matriz. Esta construção foi realizada em parceria Paróquia e Prefeitura, inauguradas em 1996. 

A partir de 2008 foi reformado todo o telhado da Igreja Matriz. As reformas continuaram em 2010 com a pintura interna e externa do prédio da Igreja e a reforma no piso.

De 2011 a 2013 o Salão Paroquial foi reformado e aumentado. Em 2014 iniciou a construção de um Centro de Pastoral, ao lado da Igreja Matriz. Este Centro de Pastoral terá espaço para salas de catequese, auditório, cozinha e banheiros, além de salas de aluguel. 

Atualmente a paróquia desenvolve atividades voltadas aos Ministros da Palavra, Eucaristia e Esperança, também à catequese, na liturgia, atendendo mais de 200 crianças com a Pastoral da Criança, o Apostolado da Oração, a Renovação Carismática Católica e a visita das capelinhas de Nossa Senhora com suas Zeladoras, cursos mensais de preparação ao Batismo e Grupos de Famílias.